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Plateforme phénotypage cellulaire et tissulaire

La Plateforme Phénotypage Cellulaire et Tissulaire met à disposition, pour l'ensemble de la communauté scientifique, une instrumentation de haute technologie.

Cécile Delarasse Investigateur Principal
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Xavier Guillonneau Investigateur Principal
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Luisa Riancho
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Présentation

Celle-ci regroupe la cytométrie de flux, le tri cellulaire, le screening protéique et la préparation d'échantillons pour l'analyse ou le tri en cytométrie, pour le séquençage d'ARNm (RNAseq de tissu entier, cellules isolées …) ou le séquençage de cellules isolées (single cell RNAseq).

Expertises

La plateforme de Phénotypage cellulaire et tissulaire de l’Institut de la Vision est spécialisée dans les champs d’expertises suivants :

  • Viabilité cellulaire
  • Apoptose
  • Activité des caspases
  • Potentiel de membrane mitochondrial
  • Prolifération cellulaire
  • Cycle cellulaire
  • Cytokines
  • Quantification antigénique
  • Immunomarquages directs et indirects, membranaires ou intracytoplamiques
  • Caractérisation cellulaire et phénotypage
  • Analyse bio-informatique des données de séquençage

Équipements

  • Cytomètre analyseur Celesta SORP – Becton Dickinson – 4 lasers – 18 couleurs. 
    Le Celesta SORP est équipé du système HTS (Hight Throughput Sampler) qui permet une acquisition d'échantillons à haut débit entièrement automatisée.

Caractéristiques Laser :

LASER

Filtres

Miroirs

Fluorochromes 
(exemples)

Violet (405 nm)

450/40

N/A

BV421

525/50

505LP

BV510, BV480

610/20

595LP

BV605

670/30

655LP

BV650

710/50

690LP

BV711

780/60

750LP

BV786

Bleu (488 nm)

530/30

505LP

BB515, FITC

610/20

595LP

BB630, PI

710/50

690LP

BB700, PerCP-Cy5.5

Vert-Jaune (561 nm)

586/15

N/A

BYG584, PE, TdTomato

610/20

600LP

PE-CF594

670/30

635LP

PE-Cy5, 7AAD

780/60

750LP

PE-Cy7

Rouge (637 nm)

670/30

N/A

APC

730/45

690LP

APC-R700

780/60

750LP

APC-H7, APC-Cy7

 

  • Cytomètre trieur Melody - Becton Dickinson - 3 lasers - 10 couleurs :

    • Système de tri = 4 voies de tri Buse : 100 µm 
    • Formats de sortie de tri compatibles : Tubes 1.5, 2.0 et 5.0 mL
    • Plaques de 6, 24, 48, 96 et 384 puits (Tri 1 voie)
    • Plaques PCR de 96 puits- Lames microscope 3 x 9

Caractéristiques Laser :

LASER

Filtres

Miroirs

Fluorochromes 
(exemples)

Violet (405 nm)

448/45

N/A

BV421, DAPI

528/45

500LP

BV510, CFP, AmCyan

Bleu (488 nm)

488/15

N/A

SSC

527/32

507LP

FITC, GFP, BB515, AF488

700/54

665LP

BB700, PerCP-Cy5.5, PerCP

Vert-Jaune (561 nm)

582/15

582LP

PE, DsRed

613/18

605LP

PE-CF594, mCHERRY

697/58

665LP

PE-Cy5, PE-Cy.55

783/56

752LP

PE-Cy7

 

  • Chromium 10x Genomics. Cet appareil permet l’isolement de cellules dissociées dans une gouttelette (jusqu’à 10000 cellules par échantillon) et de préparer des librairies 3’ à partir des ARNm contenus dans chaque gouttelette. Le séquençage de ces librairies permet d’étudier l'expression génique unicellulaire (transcriptome 3') et ainsi de profiler finement les dizaines de milliers de cellules contenues dans l’échantillon.

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