Plateforme de séquençage
La plateforme de séquençage propose du séquençage de plasmides ou de produits de PCR par la technique de Sanger.
Présentation
La plateforme travaille principalement sur des gènes associés à différentes maladies d'origine génétique, principalement celles affectant la rétine. Les exons et les parties introniques flanquantes sont amplifiés par PCR, purifiés de façon enzymatique (exonucleaseI / shrimp alkaline phosphatase) et séquencés ensuite avec un mix de séquences (mix BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit, Applied Biosystems) analysés sur le séquenceur.
Les résultats sont interprétés à l'aide du logiciel SeqScape, Applied Biosystems.
La plateforme valide des variants identifiés par séquençage haut débit ciblé ou de l'exome entier et effectue des analyses de co-ségrégation familiale ou de sujets témoins pour les variants sélectionnés.
La plateforme propose également le séquençage de plasmides pour contrôler des séquences après clonage ou analyses de surexpression cellulaires.
Expertises
La plateforme de séquençage de l’Institut de la Vision est spécialisée dans les champs d’expertises suivants :
- séquençage par Sanger
- gènes associés aux maladies des yeux
Équipements
Après accord sur les règles et directives ainsi qu’une formation pratique, les utilisateurs ont libre accès aux divers systèmes de la plateforme et postes de travail sophistiqués. Les équipements de la plateforme de séquençage disponibles sont :
- ABI 3730 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, 48 capilaires
- Logiciel SeqScape, Applied Biosystems