Offre de thèse: Analyse de l'imagerie en direct des organoïdes grâce à l'IA

Contexte

Dans le cadre du programme doctoral international du DIM C-BRAINS, Kate GRIEVE recherche un.e doctorant.e pour son projet ORGAI: Analyse de l'imagerie en direct des organoïdes grâce à l'IA.

Le projet ORGAI rassemble deux équipes de l'Institut de la Vision expertes en imagerie et en développement d'organoïdes, et vise à développer des outils d'intelligence artificielle et d'apprentissage automatique pour quantifier les données spécifiques aux cellules. Notre objectif est de valider notre nouvelle approche d'imagerie en direct appelée DFFOCT pour l'imagerie longitudinale sans étiquette de modèles d'organoïdes dérivés de patients. Notre objectif est de démontrer que le DFFOCT, combiné à une analyse pilotée par l'IA, peut créer des jumeaux numériques pertinents d'organoïdes pour prédire quels médicaments seront les plus efficaces pour les patients individuels. Le doctorant développera de nouveaux modèles d'apprentissage automatique et d'IA, permettant une analyse automatique des données à haut débit. Ces techniques permettront de quantifier la morphologie et la viabilité de chacune des cellules de l'organoïde, d'identifier leurs types cellulaires et de suivre leur devenir. Ces outils numériques permettront d'augmenter la spécificité des microscopes sans étiquette, de prédire des résultats biologiques à partir d'un nombre minimal de données expérimentales et de généraliser les résultats.

Sujet de thèse détaillé: DIM C-BRAINS